衛生福利部(下稱衛福部)為與國際管理規範接軌，妥適管理魚油原料，同時兼顧特定疾病患者的營養需求與安全性，於109年12月28日公告訂定「食品原料魚油之使用限制」，規範魚油作為食品原料使用時，應符合之相關規定，包括來源及每日食用量。
魚油原料之來源須為傳統可供食用魚類，考量一般人仍會從其他日常飲食來源攝取到EPA及DHA，所以規範魚油作為一般食品原料時，每日食用量以所含EPA及DHA總量計，為2公克以下；而特定疾病患可能因為生理功能失調，導致無法進食、消化、吸收或代謝一般食品或食品中特定營養成分，或醫學上認定有其他特殊營養需求，且不易透過日常飲食調整所獲取，加上依據其適用對象特別加工或配製之「特定疾病配方食品」，須經衛福部查驗登記並發給許可文件，所以其魚油原料的每日食用量以EPA及DHA總量計，為5公克以下。詳細訊息可至衛福部食品藥物管理署網站(http://www.fda.gov.tw)之「公告資訊」項下之「本署公告」查詢。
規定正式施行後，經查獲食品所使用的原料不符合相關規定者，得依食品安全衛生管理法第48條規定，處新臺幣3萬元以上300萬元以下罰鍰。
